肛瘘一旦形成比较好的方法就是手术治疗，肛瘘手术最主要的就是找到内口和清除腐肉，才能够治好，否则复发的几率还是比较大的，要找正规大医院进行治疗，平时注意个人卫生。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
由于是大便干燥引起的肛裂，患有混合痔和肛瘘可以在便后使用一些外上的消炎清火的痔疮类的药物，之前有混合痔，肛裂可以选择保守治疗，平时在饮食方面千万不能吃辛辣和过于油腻的食物，应主要以清淡富含维生素c和蛋白质为主，可以多吃一些新鲜的瓜果蔬菜。
