小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
新生儿如果出现腹胀，同时又拉肚子，家长朋友直接带着宝宝到医院找专科的医生进行治疗。因为在宝宝出现腹胀的情况下，如果同时合并腹泻，我们可能考虑这个宝宝存在肠炎。对于新生儿来说，他的肠道非常薄且娇嫩，如果出现肠炎，病情进展较快，有时过久的观察或者在家里治疗起不到作用，反而会耽误宝宝的治疗。
婴儿腹泻推拿的方法是按揉宝宝的足三里，以膝盖髌骨下方的凸起处为起点，向下四指宽胫骨外侧，用大拇指的指肚按揉这一点100-200下。也可以把手掌摊开，放在宝宝的腹部，逆时针轻揉50下左右，但一定要逆时针揉腹，顺时针揉腹则是调理便秘的。还可以让宝宝平躺在床上，用一手的食指、中指、无名指并拢，用三指指腹在宝宝腹部绕圈按摩。以腕关节连同前臂作顺时针或逆时针方向环形移动摩擦，每次3-5分钟。
乳糖不耐受导致的腹泻多见于6个月以下纯母乳喂养的宝宝，腹泻的特点是，大便稀薄，每天4－6次，有奶块或少量粘液，常在喂奶后即排便，除腹泻外，宝宝无其它异常情况，精神愉快、食欲正常、睡眠安稳，体重按正常速率增加，无脱水表现，大便化验无异常。
孩子如果出现呕吐伴随腹泻症状有可能是患有急性肠胃炎的表现，要观察的体温是否有升高，如果体温升高可能是病毒感染所引起，带孩子先就医进行大便常规化验检查看看，另外期间还要多给孩子补充水分，避免孩子腹泻呕吐过多引起脱水发生。婴儿腹泻，是婴幼儿期的一种胃肠道功能紊乱，以腹泻、呕吐为主的综合征，以夏秋季节发病率最高。临床主要表现为大便次数增多、排稀便和水电解质紊乱。本病如治疗得当，效果良好，但不及时治疗以致发生严重的水电解质紊乱时可危及小儿生命。
