脑干脑炎该病的发病机制和病因尚不完全清楚，但病毒感染是最大的致病因素。这种脑干炎症会直接损害患者的颅神经，导致意识障碍。本病的特点是多见于年轻人，常发生于急性或亚急性病例，性病情加重，约有一半的病人在发病前有上呼吸道或肠道感染的病史，临床表现为单侧或双侧的症状或体征。
最佳治疗时间是3个月-半年。脑炎发病后，采用西医激素蛋白治疗可控病继发更严重的损害脑神经，控病后神经不能复苏和恢复种种功能的原因是受炎症侵袭的神经仍出于麻痹不全状态。
轻者出现小儿脑瘫、偏瘫等疾病，过度用脑、长期睡眠不足、年龄的增大，神经营养物质的不足。都可能使大脑过早的衰老、退化，出现记忆力下降、智力下降，精神、性格、情绪、睡眠、运动能力的改变。
这个病是有传染性的，因为支原体感染属于感染类疾病，对于感染类疾病都有一定的传染性。但是必须要经过密切的接触才可以发生，因为并不像一些强烈的传染病，如水痘、腮腺炎、手足口这些有强烈的传染性。而支原体感染没有这样强烈的效果，虽然有传染性，但是传染性并不强。
发烧会引起自身免疫性脑炎。自身免疫性脑炎它是一种免疫功能异常，们在治疗上面要控制它的免疫功能，控制人体不良的免疫反应。控制人体不良免疫反应的方式，一个是们丙种球蛋白的治疗，一个是激素治疗，有一部分病人们还可以用血浆置换，这都是改变们自身不良免疫功能异常的治疗方法。
