肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
手术后，有必要检查孩子的食欲是否有所改变。这些天不要感冒，或者注意调节孩子的饮食。它是由先天性发育差异引起的。然而，手术后进行监管通常更安全。多注意观察一段时间，然后去医院复查。不要吃生冷食物，加强营养。
婴儿先天性肛门闭锁可以进行治疗，但只能通过手术治疗。此外，肛门闭锁分为几种类型。具体应该据当时检查的医生来判断。因此，医生应该积极配合治疗。这种疾病是畸形中最常见的疾病，所以不必感到太悲伤。
肛门闭锁手术费用大概是1万-3万元。手术费用具体是多少，是不能一概而论的，因为各地区经济发展水平不同，不同医生所采取的手术方法不同，用药不同，药价不同都会导致手术费用不一样。
可采用高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。或腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形等，根据类型选择不同的手术方法。
肛门闭锁的发生是正常胚胎发育期发生障碍的结果。目前治疗的方法有很多种，其手术方法有等多种术式，如：Nicolai一Rehbein的改良手术，或Stephens的骶会阴肛门成形术及Pena的后矢状入路肛门成形术等各有其特点，效果也各异。另外肛门闭锁术后护理非常重要。术后最常见的问题是肛门狭窄。伤口愈合会使肛门越来越小，需要进行扩肛治疗。
