肛瘘是肛肠科的常见疾病的，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没还有保守疗法的，但是保守治疗一般只能减轻症状和减少发作。可以选择微创无痛手术的，痛苦小，一般不用住院的。调理排便：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。清洁肛门要勤换内裤。
肛瘘不开刀治疗的方法主要是选择使用药物以及用药物进行肛门坐浴，比如使用消炎药以及中药等药物调理，促进肛瘘瘘管内的脓液排出，消除炎症，同时配合肛门洗剂或者复方苦参洗剂进行坐浴，可以清洁肛周皮肤，避免感染加重。再配合冷冻、激光、电疗的方法进行瘘管的根除，或者选择药物进行瘘管的填塞，闭合内口。
对于复杂性的肛瘘，通常选择挂线疗法。目的是起到局部的慢性切割作用，避免术后的复发。肛瘘从病理学的角度讲，是肛周脓肿的慢性期的一种表现，若肛门直肠脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散治疗效果显著，不遗留后遗症;如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重复杂化。
不可以。大部分肛瘘是由于肛隐窝细菌感染，肛周间隙脓肿，脓肿破溃后，脓腔收缩，长期不治疗而形成，故内口多在齿状线上肛窦处。脓肿自内口经痿管破溃后形成外口，位于肛周皮肤上。开口破脓后，脓肿常假性愈合，脓肿反复溃破，形成多个瘘管及外口，使单纯性肛瘘演变为复杂性肛瘘。
如果确诊为低位肛瘘，需要手术。当然，手术切除并不像预期的那么简单。如果括约肌受累，需要肛瘘切开和拉线。此外，术后应及时换药，以保证伤口的清洁，尤其是排便后和换药前。
