牙周炎可以短期运用漱口水。而且漱口水的使用按照说明书的用量进行，在饭后清水漱口后再用漱口水含两三分钟才把漱口水吐掉，可以杀菌消炎。但是使用漱口水能够减少致病微生物，但是长期的使用漱口水又可能会导致口腔内菌群失调。
口臭多是因为口腔问题引起的，另一种原因就是胃热症导致者居多，要及时具体检查原因再对症治疗，漱口水不能代替刷牙，长时间用治疗性的漱口水，可能引起菌群失调等副作用。
当口腔溃疡严重时，如果用牙刷刷牙，可能会损伤溃疡处的伤口，加重溃疡的程度，延长溃疡愈合的时间。因此，在口腔溃疡期间，最好的口腔护理方法是用漱口水漱口，因为漱口水有助于抑制口腔中的细菌并加速愈合。
患有牙周炎之后经常使用漱口水确实有一定的作用，但是平常应做好口腔的清洁，而且应该把口腔里面的食物残渣全部都给清理干净，必要时可使用牙线清除，这样可防止牙菌斑的出现。因为多数的患者在出现牙周炎之后，考虑是由于牙菌斑引起的，而且在治疗牙周炎时，应及时到医院牙科诊所去除牙齿上的牙结石，然后再解决牙周炎的问题。
漱口水可以起到预防口腔疾病的作用，而且用于平时的清洁口腔卫生还是可以的。因为漱口种中含有一些化学制剂，可以帮助清洁牙齿，而且漱口水还可以改善口腔的异味等症状，不过即便使用漱口水，一定要按照正确的方式，每天坚持刷牙才可以。
含氟、含抗生素、含硼砂、氯已定的漱口水都最好不好长期使用。长期使用能引起味觉改变。但是别的漱口水是对口腔内的粘膜进行消毒，所以对牙齿基本上是不会有害处或是副作用的。
