一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
打了乙脑疫苗后发烧属于很常见的不良反应，要根据孩子体温高低进行处理，体温小于38.5℃可物理降温，大于38.5℃需口服退烧药。一般这种原因造成的发烧症状会在24小时之后恢复正常。接种的疫苗是一种减毒或灭活疫苗，这种疫苗注射后，人体会产生一定的排斥反应，而发烧是人体的一种对抗病原微生物感染入侵的有益的保护性机制，这是人体在自我保护的行为，是属于正常的接种疫苗后的不良反应。
接种后可能会在数个钟头后发热，乙肝疫苗可能会引起发热，这个时候身体对疫苗的敏感性是可以接受的，所以不需要吃药。
如果出现短期的高烧，不用着急，可以采取适当的物理降温措施，多饮水，多休息，两日后即可回复到正常的温度。高烧三日后仍未消失，需要到正规的医疗机构进行相关的诊断，明确病因，在医师的建议下进行处理。
儿童接种乙脑疫苗后，是比较容易发热的。疫苗属于人工自动免疫抑制剂，这对于宝宝来说，是一种外来物质，会激发宝宝的免疫系统而出现身体的发热。这种热不会超过38度，不会有明显的不适症状，短期以内就会消失，也可以采取物理降温的方式去控制体温。
孩子打了乙脑减毒活疫苗以后出现发热，是比较常见的减毒活疫苗接种后反应。家长不要过于惊慌，具体如何处理，要看孩子发热的程度，体温高到多少度，有没有合并其他的严重不良反应。如果孩子的体温超过38.5℃以上，同时有严重的恶心、呕吐，全身皮疹，甚至出现了血管源性水肿以及过敏性休克的情况，要尽快到当地医院的儿科进行抗过敏治疗。
注射乙脑疫苗三天后发烧这种不正常，如果小孩子体温超过38度5，一定要尽快带宝宝去大医院检查治疗，有可能会有严重的后遗症，或者是并发症，这种都不一定，因为注射疫苗之后有发烧的现象，有的孩子就是这样的，可以给孩子贴退热贴，多喝点水。
