支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
支原体、衣原体、解脲原体、人型支原体、支原体等是常见的感染源。
支原体及衣原体可造成尿道炎、附睾炎、摄护炎等疾病，影响精子的健康，使精子的数目下降，使精子畸形，造成输精管上皮损害，影响精子运动，造成不孕。还会引起妇女的输卵管炎症，从而引起阴道的狭窄，引起不育。即便是怀孕了，由于输卵管发炎粘连，使输卵管变得更粗，精子通常很难到达子宫内，引起不育。
一般来说，孕妇在孕期出现了支原体和衣原体的症状，一定要及时处理，否则会造成胎儿的生长异常，严重的还会造成死亡。现在可以在医生的指导下选用的药物是阿奇霉素片，不会对生殖产生什么作用，只要坚持服用2-3个星期，定期进行复查，基本上就可以将其彻底消灭。4-6个星期后，支原体衣原体还是不能变成阴性，可以选择中止怀孕。
此外，孕妇应该保持良好的心态，同时注意休息，保证饮食营养的均衡摄入，有助于促进机体恢复。
支原体衣原体感染可以到正规医院看感染性疾病科。支原体和衣原体感染通常存在于自然界中，一旦接触了这类的病原菌，很可能会出现感染的情况，常见的感染部位是呼吸系统。感染衣原体和支原体的患者往往会出现发热、咽痛、咳痰以及咳嗽的症状，可以在专业医生的指导下，口服抗生素类药物进行治疗。大部分患者预后是很好的，日常要养成良好的卫生习惯。
支原体衣原体感染会影响怀孕：
泌尿生殖道感染支原体后，引起的疾病男性为非淋菌性尿道炎，表现为尿道刺痒、烧灼感和排尿困难，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，部分病人无症状。女性主要为非淋菌泌尿生殖道炎，表现为白带增多，尿道灼热或引起盆腔炎，输卵管炎等而引起不孕，流产和宫外孕.所以如果发现有此问题，最好是在医生的指导下进行有效的治疗。
