本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
造成巧克力囊肿的原因是，房事过多：卵巢巧克力囊肿大多和体内雌激素分泌过高有关。内分泌因素：是造成卵巢巧克力囊肿的主要病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢巧克力囊肿多发于内分泌旺盛的生育年龄。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象，天长日久，出血量会增多，并且会形成陈旧性的出血，陈旧性的出血肉眼所见类似于巧克力的样子，所以称为巧克力囊肿。
女子不孕，是由于肾气不足，或冲任气血失调所致。原发性不孕症（肝失疏泄）气机不宣，即而化火，冲任不调。显著病状有婚后多年不孕，经量不多，开始形如豆沙，继则鲜红，每次月经前一周先有头部作痛，随之乳房作胀，直至经行后而缓解等。
生理原因：因为内膜是在卵巢生长的，所以在生理期的时候，内膜并不会随着离开，而是在卵巢位置淤积，使卵巢位置出现囊肿。分娩、人流次数过多：因为巧克力囊肿是由月经期子宫内膜碎片引流不畅导致的，最后就会影响月经血从阴道流出。
巧克力囊肿最主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产也可引起，输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。内分泌因素、炎症因素（患有盆腔炎等疾病并且出现了盆腔粘连的情况，没有得到及时地治疗，造成大量的积血淤积）子宫内膜因素（脱落的子宫内膜随经血逆流进入腹腔）压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因，治疗该病一般选择手术治疗，术后配合药物治疗。
