腭裂的治疗应采取综合序列治疗的原则，除外科手术以外，还需要采取一些非手术治疗，如正畸治疗，缺牙修复，语音治疗，以及心理治疗等。腭裂的临床特点是腭裂语音，单纯腭裂修复对语音改变不大，一般术后一个月应及时进行配合语音师进行语音训练。
可用以下方法进行治疗。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。对症治疗：对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
治疗唇腭裂要进行手术治疗，唇腭的整形手术可能要分多次完成，寄希望于一次手术即可成功是不现实的。唇腭裂要初步诊断病患程度如何，要尽早治疗，按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，以恢复软腭的生理功能。也可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，以改善腭咽闭合。唇腭裂疤痕修复手术具体方法是将异位的口轮匝肌复位，恢复肌肉的连续性，达到功能性修复。注意唇裂疤痕修复的正常高度，人中居中，上唇两侧对称。唇裂者常伴有鼻部畸形，应同时矫正鼻小柱偏斜，增加鼻小柱高度，矫正鼻翼塌陷，恢复鼻孔基本对称。
手术时年龄比较大，容易形成不正确的发音，手术以后要想发出正确的语音，必须要进行术后语音矫治。这种语音矫正一般在术后1至2月开始是最好的。相信在医师和家人的指导在加上自己刻苦的练习会恢复正常语音的。
注意事项有应防止患儿用手搔抓伤口、拔掉唇弓或将手伸进口腔。必要时用小夹板使双上肢制动。护士小姐每日用消毒棉签清洁伤口，清除血痂和污物，保持局部清洁。家长不应自己擦拭伤口。
