巧克力囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗两种，其中药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，可能会复发；手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术是本病处理方法。
痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。性交痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。3）不孕。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，那么最明显的症状就是痛经，另外一个明显的症状就是性交疼痛，可能还伴有点状的出血，而且容易造成不孕，月经失调。可以采取药物和手术治疗。
轻度巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。常见的有痛经、下腹痛、经期发热，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显，还会出现不孕及月经失调等症状。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢部位发生的一种病变，会出现腹痛和痛经，应及时到正规的医院检查和治疗，在治疗期间要注意少食辛辣食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
