胚胎发育不好大部分会出现自然流产，一小部分胚胎存活下来，出现畸形胎儿。胚胎发育不好的原因主要是胚胎自身的异常，如出现染色体异常。还有一部分原因来自母体因素，如母体有内分泌异常，甲状腺功能低下或亢进，有高泌乳素血症时会出现胚胎发育不良。
之前有过两次自然流产，建议最好去正规医院留取胚胎做染色体检查，排除遗传因素。其次还要做免疫学、内分泌检测、男女双方染色体、女方查性激素六项、甲功三项、支原体衣原体、优生四项、免疫四项、凝血机制、抗心磷脂抗体封闭抗体系列等。此外，孕期要注意多做运动，提高身体的抵抗力和身体素质。孕期3个月内要注意口服叶酸，避免出现胎儿的神经管异常。
自然流产后半年再怀孕比较好，自然流产与人工流产其实性质是一样的，都需要再次刮宫，子宫内膜也会受到不同程度的损伤，流产后需要有一个很长的恢复过程，如果子宫内膜还没有彻底的恢复，受精卵也不容易着床，有可能会再次发生自然流产。
怀孕以后出现的自然流产一般属于胚胎发育不好的情况，是人类进化自然过程适者生存的表现。自然流产后，阴道出血的时间一般不会超过10天，但是流血量会比正常来一次月经量要多。如果B超检查宫内干净，可不必处理。等下一次来月经之后，可以选择同房。但是同房期间需要采取避孕措施。自然流产以后，不要在第二个月就怀孕，最好是自然流产半年以后才准备怀疑，对女性身体都比较好。
自然流产半年后可以再次备孕要孩子，再次备孕前一定要检查一下导致自然流产发生的原因，如内分泌紊乱，或者有免疫方面的问题，再有溶血方面的问题，也有染色体方面的问题，或者宫腔有问题都会导致自然流产的发生。
