一般来说，支气管镜检并不会引起肺部疼痛，少数患者表现为肺部疼痛，可能的原因是支气管检查时引起了气道损伤，从而让他们感觉肺部疼痛。这种情况下患者可以吃些营养神经的药物，观察自己是否出现了咳嗽，咳痰等异常症状，没有炎症的前提下，这种不舒服的感觉持续一段时间之后会逐渐消失，并不会给患者带来其他方面的疾病。
支气管镜一般是检查支气管肺部相关的疾病，支气管镜检查不明原因的咳血，慢性咳嗽，患者不明原因的声音沙哑者，不明原因的横膈上升，是诊断急性慢性支气管炎，支气管结核，气管支气管狭窄，怀疑有支气管瘘的诊断，并诊断弥漫性肺部疾病的重要步骤。
支气管镜检查后会咯血，若量较少，多数属于正常现象。主要由于在进行支气管镜检查过程中，会引起鼻腔、支气管黏膜损伤，出现少量咯血。再者，在此项检查过程中，若有异物存在，活检时也会出现支气管咯血。需要注意的是，若咯血量在可控范围内，不用特殊处理；但是若咯血量较大时，则要引起高度重视，要及时查找原因进行处理，避免出现窒息，危及患者生命。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。
支气管镜检查有危险。支气管镜是一种非常成熟的检查方法，其风险很低。过敏、心脏骤停、多源性呼吸暂停、大出血引起的窒息等并发症是最常见的并发症。在进行支气管镜检查后要注意的事项有两个小时内禁食，避免误吸。在半个小时内不要发出声音，避免声音嘶哑、咽痛等。鼓励患者咳嗽、咳痰、保持气道通畅。同时要注意咯血，少量咯血不需要特别治疗，咳血量大的时候要及时向医生报告。
