早晨起床口臭大部分的原因是厌氧菌感染，入睡后不咀嚼，唾液分泌量小，口腔环境封闭而稳定，利于厌氧菌和其它细菌生长繁殖。也有少部分人，睡前没有刷牙，口腔里的食物残渣在细菌的作用下，会大量的发酵产生发酵的味道。
口臭它是属于口腔黏膜方面的一种疾病，比如口腔的环境比较差，或者是肠胃出现消化不良的时候，都有可能在早上的时候出现口臭的现象，而且口腔方面的疾病也有可能会导致这种问题，先到口腔科去做一下检查，看一下有没有牙齿方面的疾病，然后对症治疗。
口臭有异味往往多是由于口腔或消化道感染厌氧菌或兼性厌氧菌所致，可以服治疗厌氧菌或兼性厌氧菌的药物；幽门螺杆菌感染所引起的口臭有异味，可以服用治疗幽门螺杆菌的药物。第一点，要十分注意口腔卫生，保持干净，每天晨起、睡前和饭后认真地刷牙漱口，必要时，用牙刷或洁净的毛巾轻柔地刷除舌苔。在治疗上，第一点要积极治疗原发病。对于口腔、消化系统、呼吸系统等可引起口臭有异味的疾病，要积极进行相应的治疗。
考虑是由于平时不注意饮食卫生，长期的吃辛辣刺激食物过多饮食不规律，而出现了胃肠道消化功能紊乱，表现出的消化不良以及口臭。平时养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，不要吃辛辣刺激的食物。
一般情况下，小孩起床口臭的病因基本与大人一致，如消化不良、口腔炎症等。具体分析如下：
通常来讲，消化不良，脾虚胃弱会对肠道功能带来损害，所以出现起床口臭。此外，如果平时小孩爱吃甜食，漱口习惯不及时养成，那么不仅会破坏脾胃的运化功能，还会对牙齿造成伤害。另外，如果孩子喜欢含着奶瓶睡觉，或者嘴巴里有其他食物，这些都会导致口腔炎症，细菌通过食物残渣腐蚀牙齿，导致牙周疾病。但只要保持良好的作息时间，健康饮食，此症状会很快缓解。
