治疗主要是以抗病毒治疗为主。有潜伏期、爆发期、疱疹期、愈合期四个时期，疱疹型咽峡炎存在着一定的潜伏期，并不是当场突然患病，潜伏期大概是2到4天的时间，还有的少数人的潜伏期是俩周左右，发病时间就在春秋两季比较高，临床表现是发热、咽痛、咽峡部粘液小疱疹和浅表溃疡。
需要及时口服一些抗病毒的药物来进行治疗，疱疹性咽峡炎通常是由于疱疹病毒感染引起的具有传染性的上呼吸道感染性疾病，在治疗期间饮食需要清淡，避免吃辛辣刺激食物。
疱疹性的咽峡炎症与病毒的感染有密切的关系，建议可以局部使用清热解毒以及抗病毒的药物喷洒，还可以配合口服抗病毒以及清热解毒的药物进行治疗，选择一些中药成分的药物，期间也要注意多喝水，配合做雾化的治疗对症状的改善也会有不错的效果。
疱疹性咽峡炎是可以口服奥司他韦治疗的，疱疹性咽峡炎是病毒感染，常见于儿童，会导致高热，咽喉部疼痛，肌肉酸痛的症状，会因为咽喉部剧痛而出现拒食，容易引起水电解质紊乱，多喝水多注意休息，清淡饮食，大约10天左右就可以好转。
小儿疱疹性咽峡炎厌食，可以适当的给宝宝服用一些清淡易消化的食物，如果宝宝实在吃不下任何的东西，那我们应该进行鼻饲，以避免出现营养不良的情况。同时可以给孩子服用一些抗病毒的药物进行治疗，快速控制孩子的病情，缓解孩子的症状，同时减轻孩子的痛苦。对于症状比较严重的宝宝来说，我们还可以服用一些解毒利咽化的中药进行辅助治疗，加快身体的恢复。
治疗小儿疱疹性咽峡炎，首先要应用抗病毒的药物对症治疗，根据病情的严重程度决定给药的途径，可以口服、局部雾化吸入和静脉滴入。一般此类疾病不应用抗生素，除非血常规检查白细胞和中性粒细胞增高，提示合并细菌感染，才应用抗菌素。同时要多饮水和流质饮食，补充患者的液体量。出现高热时要及时应用解热药物，避免引起高热惊厥。
