菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
吃了饭就拉肚子可以通过一般治疗、使用药物等方法进行治疗。
1.一般治疗：为了促进病情恢复，建议注意一般治疗，即避免吃凉的东西或者吃饭过程中避免受凉，多喝点热水，有助于缓解症状。
2.使用药物：如果症状较重，是肠道菌群失调症导致的，建议在医生的指导下使用各种益生菌类的药物，比如双歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素片、酪酸梭菌活菌片等。
宝宝拉肚子，需观察是否伴有其他症状，如发热，呕吐，腹泻，腹痛，如有明显高热，腹痛，查便常规有脓血便，则可能为细菌感染性腹泻，需进行抗生素治疗；如果是病毒感染性腹泻，需对症治疗，奶制品需适当减少或换为腹泻奶粉，饮食宜清淡少油，如稀粥、稀面条。
宝宝总是拉肚子，治疗方法如下：
第一、找出拉肚子的原因，化验大便，看看大便中是否存在轮状病毒、腺病毒、柯萨奇病毒等，找出病因，确定是细菌性肠炎后再进行病因治疗。
第二，注意喂养的方法是否得当，如果宝宝拉肚子严重，尽量不要吃油腻的食物，也不要吃高蛋白高脂肪的食物。拉肚子的原则是容易消化和吸收，有些宝宝在吃奶的时候拉的比较厉害，要看有没有乳糖不耐受。乳糖不耐受的情况下可以添加乳糖酶或者腹泻奶粉。
第三、拉肚子要做助消化或者止泻治疗，这种情况最好是带大便去医院进一步检查，明确病因，综合评估，制定合理的治疗方案，这样才能矫正拉肚子。
引起宝宝腹泻的原因有很多，如病毒细菌喂养不当等。密切观察宝宝的精神状态食欲睡眠尿量等，如有异常，及时就医，做大便检查，血液检查，查找原因，给予补液等支持对症处理，合理喂养，注意荤素搭配均衡，少量多餐，注意饮食卫生，手卫生。
