生理性卵巢囊肿包括卵巢潴留囊肿、黄体妊娠囊肿。生理性囊肿一般初次发现，病程短，一般月经干净后复查彩超可以消失。病理性卵巢囊肿一般病程持续半年以上，做彩超可疑卵巢子宫内膜异位囊肿，或卵巢畸胎瘤或交界性肿瘤或卵巢癌，一般需要手术治疗。
对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
卵巢囊肿是临床上比较常见的妇科良性肿瘤，如果体积小于4.0cm以下可以服用中成药活血化瘀治疗，同时结合微波局部理疗促进炎症吸收，治疗一个疗程以上再次b超复查看看。治疗期间不能同房，适当休息，不能剧烈活动。
卵巢囊肿分很多种，如果是生理性的，属于正常现象，不需要做特殊的处理，但如果是病理性的，就需要做手术。生理性的囊肿，包括卵泡、黄体，小于5cm，以囊性为主。但如果是病理性的囊肿，指直径大于5cm，或者持续存在三个月左右。
