治疗内分泌紊乱首先要找出引起内分泌紊乱的原因，然后针对不同的原因进行相应的治疗。
1.高泌乳素血症引起的月经失调，可以通过服用溴隐亭等药物来降低泌乳素的含量。
2.由多囊卵巢综合症引起的高雄荷尔蒙，主要治疗方法是通过饮食、运动等生活习惯，通过饮食、运动等来控制体重、降低血糖。如果第一次治疗不起作用，可以服用达英-35等口服的短效避孕药，同时减少雄激素的使用。对于有生育需求的女性，建议进行促排卵治疗。
内分泌失调出现的闭经要结合雌激素六项的检查和甲状腺素的检查结果进行药物治疗。如果是因为甲亢或者是甲减引起的闭经，要针对甲状腺进行治疗。出现闭经除了对症治疗，平时还要注意营养物质的摄入，保持机体营养充足，对闭经的治疗有很大的帮助。
女性经期不调属于内分泌紊乱，属于功能性出血，可以通过口服药物来进行调理。
如果是青春期的功能性失血和处于生育期的妇女出现功能性出血，那么在处理上应以止血、调整月经周期、促排卵为主要原则。如果是围绝经期的功能性子宫出血，应以止血、调整月经周期为主要原则，并控制子宫内膜病变，避免其转化为癌症。
性激素药物具有止血和调整月经周期的作用，因此女性由内分泌紊乱所致的经期不调，可以在医生的指导下通过使用性激素药物来进行治疗。
卵巢囊肿可以是生理性的是正常的随生理周期的变化可以自然消失的或病理性的由于疾病而形成的囊肿，生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。
孕期卵巢囊肿的治疗方法如下：
卵巢囊肿其实就是卵巢组织异常增生而引起的肿瘤，可以是良性的或者是恶性的肿瘤，也可以是发生在单侧或者是双侧的。一般多见于20-50岁的女性，可导致女性不孕和激素水平的紊乱。怀孕后出现的卵巢囊肿分为生理性和病理性两种。如果出现一些紧急情况如囊肿蒂扭转或破裂时,临床表现为突发的腹部明显疼痛、恶性呕吐，应该立即就医进行手术治疗！
卵巢囊肿大多属于非肿瘤性囊肿，直径也很少超过5厘米，这些囊肿并不是肿瘤，大部分是良性的，能自行消退，无需治疗。若是恶性的肿瘤，短期内会明显增大，超过5cm，同时伴有剧烈腹痛等症状时需要及时手术。治疗期间可同房，但要适当节制性生活。卵巢囊肿一般对生育没有什么影响。