病毒性脑膜炎经过正规治疗，大部分人可以恢复正常，少部分留有后遗症。运动方面的落后或不协调。智力方面有不同程度的反应迟钝。另外大脑皮层神经原的异常放电。癫痫。要好转应给以抗病毒治疗。营养脑细胞的药物。吸氧。多吃新鲜水果和蔬菜，补充各种微量元素。
有病毒性脑膜炎的严重后遗症失语、吞咽困难，癫痫等神经系统的损害，注意力不集中、健忘，兴奋不安、记忆力减退，表情淡漠，智力低下，多汗、流涎等。对于病毒性脑炎留下的后遗症，需积极的康复治疗。
疾病发现早、病情较轻者，预后较好，不遗留任何后遗症，恢复后与正常人无异；病毒毒力强、治疗不及时者，可出现严重后遗症，甚至威胁生命；病毒侵蚀颅脑部位的不同，后遗症状也不同，常表现为失语、肢体功能缺损、瘫痪、智能障碍、痴呆等。
后遗症的治疗大部分不需要用太多的药，可以通过运动，比如脑炎后遗症病人可以参加适量运动，如散步、慢跑、羽毛球、网球、乒乓球等运动，若病情稳定，还可以打篮球、踢足球等，适当的体育活动可以增加神经细胞的稳定性。但不要过于激烈，还要忌过饥或过饱，勿暴饮暴食。过度饥饿使血糖水平降低，而低血糖往往诱发脑炎后遗症发作。来慢慢恢复治疗。
大多数病毒性脑膜炎可以治，没有后遗症。病毒性脑膜炎是指病毒侵入软脑膜，症状相对较轻，临床表现与普通感冒相似。可能有发烧、头痛、恶心、疲劳、颈部僵硬等症状。有些不用治疗就能康复，一般不会留下后遗症。临床诊断不能仅凭的身体体征来判断。可能有轻微的症状，但是脑实质中已经出现了病变，可能会有后遗症。
脑膜炎后遗症的症状严重程度各不相同，主要表现为神经精神异常。神经异常的表现包括发烧、头痛、呕吐、嗜睡、昏迷和抽搐。严重者，脑、下丘脑、基底节、脑干、小脑、脊髓可能有异常表现。精神障碍的特征是兴奋、易怒、不规律的笑和哭、失眠、异常行为、幻觉、幻想或对表达漠不关心、沉默、活动减少、不进食、定向不良、记忆力丧失、尿失禁和大便失禁。
