病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；体外冲击波碎石治疗，体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。
肾积水的临床主要症状有结石疼痛、肿瘤血尿、尿道狭窄、排尿困难等。水的侧面在腰部膨大。复杂的感染包括寒战、发烧和脓尿。腰部囊性肿块在患侧。双侧慢性肾功能不全梗阻，尿毒症。腰痛腰囊性肿块。肾体积增大，皮质变薄，实质液暗区。X光静脉尿路造影显示肾积水。
由于尿路结石引起的肾积水，可以行体外震波碎石或者内镜下碎石取石治疗。病情较重，不允许做大手术，或者梗阻暂时不能去除，可以在超声引导下，经皮肾穿刺造瘘，将尿液直接引流进行治疗。输尿管炎性狭窄，或者晚期肿瘤压迫，引起的肾积水，可以经膀胱镜放置双j管，行内引流治疗。
轻度肾积水好的治疗方法可以考虑药物治疗，常见的导致肾积水的原因有，肾结石导致输尿管狭窄，前列腺增生肥大导致尿道狭窄梗阻，慢性炎症反应出现输尿管的狭窄老年男性最常见的原因是前列腺增生肥大导致的梗阻。
没有治疗肾积水的中药，有任何中成药或者中草药只是将肾盂积水消除或者缓解，肾盂积水要寻找原发疾病，导致肾盂积水的原因针对病因来进行治疗，才能起到很好的治疗效果，则肾盂积水自然缓解，不可以吃中药，以免损伤肝脏、肾脏功能而没有任何治疗效果。
怀孕肾积水主要是因为，子宫过大，压迫到输尿管，导致尿液无法顺利排出。
这样可引起肾积水，尤其在孕中晚期积水越来越严重，建议注意睡眠的姿势可缓解对输尿管的压迫，需要时可采取左侧卧位或交替性右侧卧位，从而使输尿管的压迫解除，梗阻的状况逐渐减轻。
胎儿降生时肾积水自然减轻，此肾积水为生理性肾积水而非病理性肾积水。如积水较重可进行双侧双截管置入以减轻排尿困难，对此种情况提示主要应严密观察。
