松果体区的小型囊肿通常没有任何征兆，通常无需手术，但是需要经常进行检查。如果肿瘤体积增大，会对导管造成压力，导致阻塞性脑膜炎，可以行脑室-腹膜分流手术，以减轻其水肿。
此外，也可以在手术中应用松果体区囊肿-脑室造瘘术，对松果体区囊肿合并脑膜腔内窥镜下切除，既能减轻颅内水肿，也能消除病因，减少术后的并发症，效果良好。
松果体囊肿对女性受孕率的影响是非常小的。不过还是可以要到医院检查一下六项激素水平的，如果这项数据显示异常，就先对身上有的妇科病进行治疗，防止影响到将来胎儿的健康。
松果体囊肿在囊肿非常小的时候是没有什么症状表现的，没有什么感觉。而如果囊肿出现持续增大，会导致出现中脑导水管堵塞，这样可以引起脑积水，也就是出现梗阻性脑积水，从而引起颅内压增高的症状，可以表现为头疼以及呕吐和视物模糊。
松果体囊肿引起的症状大多源自于囊肿体积较大，对松果体及其周边重要脑结构产生了压迫，临床上较常见的症状有颅内压增高症状，比如头痛，呕吐。眼部症状，比如视物模糊，眼球运动障碍。压迫导水管造成梗阻性脑积水，昼夜节律障碍，癫痫，耳鸣等。松果体囊肿压迫腺垂体会使性腺激素分泌减少，引起不孕。
松果体囊肿常见，松果体囊肿属于一类良性的病变。在国内，国外的事件存在率高达百分之四十，即一少半的人都会发生松果体囊肿。多数体积比较小，只有在核磁共振检查时或体检时突然就发觉。