肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
肾囊肿治疗可以在B超定位下肾囊肿穿刺，只局限于肾下极、背侧的囊肿。因为创伤小，身体条件较差，高龄病人可以选择，但复发率高。另外一种是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，适合于肾脏任何部位囊肿，术后复发率低，效果好，但费用较高。
如果很大，进行手术的一个抽液处理治疗的。但是如果不是很大，可以进一步观察，然后定期复查肾功能，尿常规泌尿系超声这些。其没有什么特殊的。肾囊肿如果很大或者是破裂，也会引起腰部疼痛不舒服的。
肾囊肿是可以治疗的，肾囊肿都是后天形成的，它来源于肾小管憩室，随着年龄的增大会逐渐出现憩室的增多，从而形成肾囊肿。对于它的治疗主要是根据囊肿的大小以及合并的并发症来决定的。大部分的肾囊肿都不会超过两个厘米，对肾脏，对身体都没有什么影响。多是在体检的时候发现的，不需要特殊的用药治疗，每年定期复查就可以了。如果囊肿增大到5-10厘米，那么出现感染破裂出血的风险会增大，需要外科微创手术治疗的。
单纯性肾囊肿多无症状，对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。
当肾囊肿的直径超过3-5厘米的时候，将会对身体造成一定的伤害，手术切除囊肿刻不容缓。肾囊肿手术就是将囊肿的液体抽出，由原针头注入甲醛溶液，内囊摘除后，外囊残腔用双氧水杀死头节，再用生理盐水冲洗，不用担心，肾囊肿切除是微创手术，没有危险。
