霉菌性阴道炎可用妇科洗液、外用抗真菌阴道栓剂或阴道泡腾片治疗。内衣应该经常清洗和更换。内衣应该在阳光下消毒。不要吃生冷辛辣刺激的食物。饮食应该清淡，以易于消化的软食物为主要食物。应该注意个人卫生。应该适当增加体育锻炼来增强体质。
抵抗力低下、长期应用抗生素、糖尿病患者、孕期的女性等因素可能会引起可能会发生霉菌性阴道炎的。一般可以选择阴道栓剂治疗，通常是治疗一个疗程以后，女性应该至少停药三天，并到医院复查，然后再用一个疗程，以此来巩固疗效。等到月经干净后再进行白带的复查，如果连续查三个月经周期后，复查结果都是阴性说明患者治愈。
女性正常的阴道菌群内有霉菌，可能会因为抵抗力低下而会生发霉菌性阴道炎，一般性伴侣不需要同时治疗。
女性可以医生的指导下选择用硝呋太尔栓剂、克霉唑类栓剂等阴道栓剂治疗。虽然性伴侣一般不需要同时治疗，但如果同房后男性则需要治疗，可以在医生的指导下口服氟康唑、伊曲康唑等药物，或是涂达克宁软膏等药物进行治疗。
一般情况下建议患者连续使用两个疗程的药物之后去复查。
一般霉菌性阴道炎至少治疗三个疗程，即使白带常规结果检查正常，霉菌转为阴性也需要巩固治疗一个疗程，否则容易复发。一定要按疗程治疗并且保持好作息时间，少吃辛辣、刺激性的东西，因为机体免疫力低下的时候霉菌性阴道炎也很容易复发。如果在用药两个疗程之后去医院复查时，霉菌性阴道炎仍然为阳性的，则建议再连续使用一个疗程的药物。
霉菌性阴道炎经过一段时间的治疗，一般会有所改善，但并不能完全恢复，可以在下一次来例假后进行一次白带分泌物的检查，确定是否已经治愈。
如果还没有完全康复，可以继续服用1-2个疗程来巩固疗效。建议在服用3个疗程后再到医院做进一步的检查。在治疗过程中要注意保持外阴的清洁，同时还要对内裤进行消毒，以提高免疫力。
念珠菌是一种真菌，通常引起阴道炎的是念珠菌中的白色念珠菌。白色念珠菌为条件致病菌，正常人体都会存在上述霉菌，由于人体防御机制和菌群相互制约作用，不会发生霉菌性尿道炎。但是，当患者长期患病、全身衰竭、长期使用抗生素及激素等情况下，会导致正常菌群失调，从而发生霉菌性尿道炎。另外，长期使用导尿管、造瘘管等亦可直接产生霉菌性尿道炎。