治疗还是先保守治疗，如果不见效必须手术治疗。精索囊肿一般与过度性刺激睾丸及附睾的急慢性炎症、损伤等有关。如果积液较多，有阴囊下坠不适，排尿困难等需要手术治疗。如果没有不适症状，可以先保守治疗。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的病理类型，是由于宫颈腺管堵塞使分泌物排出障碍引起的。宫颈囊肿有黄豆大小，可以做利普刀或者微波治疗，术后要2个月不能性生活，半个月不能盆浴。
