巧克力囊肿一般的很少会导致不孕的，只要孕激素和卵巢的排卵功能正常就可以自然的怀孕的意见建议但是子宫内膜异位症容易对怀孕产生不好的影响，另外会导致痛经以及月经的量的异常。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。只要子宫内膜出现在子宫腔以外其他的部位都可以称之为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症的常见症状就是一个不孕的问题，子宫内膜异位症和不孕是一个非常对立的问题，就是说子宫内膜异位症很容易导致不孕。如果妊娠，本身对子宫内膜异位症又是一个非常好的治疗，它非常对立。
巧囊手术可以看到盆腔粘连的。所以在巧囊术后盆腔粘连如果情况严重，是需要再做一次手术治疗。在平时要多注意休息，避免熬夜，保证充足的睡眠，多开窗通风，保持室内空气流通，多喝白开水，不要感冒，不要上火，多吃新鲜的水果蔬菜。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
