做微创手术，先把巧克力囊肿给弄掉，然后再按照正常情况去备孕，如果是备孕半年都失败，可以考虑试管婴儿。巧克力囊肿通常来说也就是和内膜异位症有很大的关联，内膜异位症会影响到怀孕的。
本病是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿主要是平时痛经和月经量增多的情况引起的，也是会影响怀孕的，囊肿比较大的，也是需要手术来治疗的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加怀孕的几率。
囊肿的大小，症状，是否有生育要求来决定治疗方案。对于巧克力囊肿小于3cm的病人，可进行期待治疗。如果体积大于3cm的巧克力囊肿，合并不孕，可采取手术治疗，剔除囊肿。术后联合药物治疗预防复发，改善不孕。
巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。
