女性支原体、衣原体可以通过药物进行治疗。
妇科支原体、衣原体感染一般都是用一定量的抗生素进行治疗，一般情况下可以将其分离出来，然后进行药物敏感性测试，以确定哪些抗生素比较敏感，然后进行相应的治疗。常用的抗生素有红霉素、阿奇霉素等。对于支原体、衣原体等，一般不能使用其他的广谱抗生素。
天花病毒目前尚无特效疗法，发现后首先要严密隔离，避免交叉感染，并及时向疾控中心报告疫情。其次，给予对症治疗，如卧床休息，补充水分及营养，保持鼻、咽、眼及口腔的清洁。天花者的分泌物、排泄物以及衣物、被褥和用品等，均应随时消毒。
大多数由衣原体引起的肺炎都需要使用抗生素，如阿奇霉素或红霉素。支原体、衣原体感染所引起的肺炎在临床上主要表现为痰少，干咳，而且在夜间比较明显，有些患者还会出现头痛咽痛的现象。这种疾病比较常见于青少年和儿童在成年人群中是比较常见的。这种疾病主要是通过X线影像学进行检查作出的判断。在进行治疗期间，还应该谨遵医生嘱托，不用药物，不要擅自用药，避免对身体的健康造成影响。
阴道炎支原体衣原体感染，平常一定要注意个人卫生，私处要天天清洗，要注意多休息，注意良好饮食习惯，也可以去医院确诊原因后对症治疗，治疗期间不要同房，不要做剧烈的运动。
支原体是一种比较顽固的病原体，主要是通过性行为感染，容易产生耐药，如果不及时治疗或治疗不规范，会引起阴道炎、宫颈炎、盆腔炎、尿道炎等妇科炎症，建议多喝水，并在医生的指导下使用药敏试验中敏感的抗生素进行治疗。
妇科检查支原体衣原体会查出盆腔炎，盆腔炎是常见妇科病，不及时治，可能导致炎症在各生理部位相互蔓延和交叉感染外，还会带来许多并发症，甚至导致某些部位的恶性病变，慢性盆腔炎是中医比较擅长的疾病。
