打干扰素的副作用比较多，最常见的有对骨髓系统的抑制可以出现白细胞、血小板下降；有可能会造成免疫系统紊乱，比如诱发自身免疫性肝炎、甲状腺疾病等；会干扰血糖，对于本身有血糖代谢异常或者糖尿病患者，干扰素有可能会导致血糖紊乱；有可能会诱发精神因素，干扰素有可能会导致患者出现抑郁症或者焦虑症等精神问题；干扰素有可能会导致心脏传导系统出现问题，比如最常见的就是出现病态窦房结综合征。
丙型肝炎治疗方面最常用的药物，这种药物的副作用确实是很多，对骨髓有抑制性的作用，可以使白细胞血小板一过性的下降，也可以使转氨酶一过性升高，长期用这种药物也有可能会出现脱发，神经方面的一些症状，可以诱发自身免疫性疾病的发生。
如果大量的摄入也是会影响女性的月经的，是会破坏身体本身对激素的生产的。会引起月经不调，如果长期服用干扰素的话很容易导致患者内分泌失调，出现雌激素水平下降，会出现轻度脱发现象，同时身体会出现丘疹或皮肤过敏现象。
乙肝的病毒携带者，如满足了干扰素的抗病毒治疗，应主动应用干扰素进行抗病毒治疗，但也有其不足之处，例如肝硬化失代偿期肝功能不好的患者，以及引起自身免疫有关的病症，例如甲状腺炎，自身免疫性的肝炎等。
干扰素的抗菌疗法有很大的优势，最大的优势就是可以停止使用。对于一些乙肝表面抗原呈阴性，但表面抗原含量偏低的患者，可以通过转阴来完成乙肝表面抗原的转阴，从而使乙肝病毒转阴，这个几率在30%以上，并且在转移后可以停止服用，周期比服用的护肝类的药物要快一些，大约需要一年的时间。
干扰素可以治疗HPV的，HPV全称是人乳头瘤病毒，干扰素就是属于能够治疗病毒的药物。不过干扰素不是口服的，而是外敷。这个也有副作用，最常见的副作用的就是有发烧，很多人用了干扰素之后会发烧。治疗期间养成良好的卫生习惯。避免有同房行为引起交叉感染。坚持用药。
重组人干扰素α2b阴道泡腾片具有抗病毒、提高机体免疫力的功效，可医治宫颈病变。此药疗程较长，在三个月左右，中间不能停止，会影响效果，对病情不利。用重组人干扰素α2b阴道泡腾片治疗时要注意减少同房，否则容易造成细菌感染，引发盆腔、阴道的炎症，导致交叉感染。
