不良反应有会引起胃肠道反应，如恶心食欲减退呕吐腹泻，腹部不适味觉改变，口干，口腔金属味等。可出现可逆性粒细胞减少。可会出现的过敏反应，皮疹，荨麻疹，瘙痒等症状。可能会出现，中枢神经系统症状，如头痛，眩晕，晕厥感觉异常肢体麻木，共济失调和精神错乱等。还会有其他有发热，阴道念珠菌，感染膀胱炎排尿困难，尿液颜色发黑等均属可逆性，停药后可自行恢复。
常见不良反应有恶心、呕吐、厌食、腹泻、腹痛等消化道反应，发生率可达15％～30％。服用期间饮酒还可引起戒酒硫样反应，表现为颜面潮红、头痛、心悸、脉搏快、呼吸困难、血压下降、昏睡，严重者有死亡的危险。
常注射疫苗几天后上述反应可自然消失，不会造成不可逆的伤害。临床常见不良反应包括以下方面：
1、注射小儿麻痹灭活疫苗：注射部位会有疼痛、红斑、硬结、一过性发烧等副作用，少数人在注射后会有淋巴结肿大、兴奋、嗜睡、抽搐等症状，3日后即可消失。还有一些患者会发生诸如皮肤红肿，乃至休克等的免疫应答；
2、口服小儿麻痹减毒活疫苗：大部分患者没有任何副作用，但在极少数的人群中会出现轻度发热、恶心、呕吐、腹泻、皮疹等。有少量的患者会出现严重的副作用，如发热、急性弛缓性瘫痪等，需要及时就诊。
一般来说，婴儿打乙肝后不良反应主要有以下情况。
乙肝疫苗一般需要打三针，打完三针疫苗之后，才能有比较稳定的对乙肝的免疫能力。乙肝疫苗的不良反应。婴儿打乙肝后不良反应通常有注射部位的疼痛症状，但一般不会出现压痛、红肿等症状，一天左右的时间就能消失，也可能持续到两到三天的时间。症状严重的，局部有可能会起硬结。此外，还可能出现轻微的发热症状，以及过敏性休克。
乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
根据实际的情况，乙型肝炎疫苗是非常安全的，一般不会产生不良的反应。
一小部分患者接种完疫苗，会在接种点红肿、硬结，也会有少量的患者会有红肿、硬结等症状，也会有少量的发热症状。乙肝接种后会有明显的过敏性反应，但是通常情况下是没有任何副作用的。副作用很小，属于自限性，需要注意的是要注意的事项。要避免吃辛辣、刺激的食物。
