巧克力囊肿是由子宫内膜侵入卵巢引起的，卵巢充血，月经时卵巢出血会增多，可能导致破裂后肿大，巧克力囊肿比较大，保守治疗效果较差，可尝试中药脉调理，可能有效。调节心情。注意休息，饮食，少吃辛辣刺激，少喝碳酸饮料。多喝温蔬菜汤。热敷治疗。
巧克力囊肿的病人可以吃肉。病人在饮食上没有明确的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶等均可以服用。但是对于特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂蜜、蜂王浆或者花粉类的食物，尽量减少食用或者不食用。
巧克力囊肿破裂马上手术，因为囊液播散至盆腹腔会引起急腹症，还可能种植发生子宫内膜异位导致盆腔腹腔粘连，影响以后怀孕。如果是出血不多，那么可以考虑采取保守，根据目前的体质以及检查的结果来综合考虑。需要注意卫生，保持清洁，少吃辛辣生冷刺激性食物，增加营养，安全第一。
如果是破裂建议马上手术，因为囊液播散至盆腹腔会引起急腹症，还可能种植发生子宫内膜异位导致盆腔腹腔粘连，影响以后怀孕。卵巢巧克力囊肿破裂，比较多，那么就会导致休克。需要考虑尽快的采取手术，如果是出血不多，可以考虑采取保守。
女性有巧克力囊肿也有不注意性生活的原因，尤其是在月经期间很容易引起月经返流，从输卵管进入卵巢生长，尤其是较多的血容量女性更容易出现月经返流。免疫系统功能恶化：如果女性卵巢功能退化，会出现局部免疫缺陷，在月经期间刚好逆流进入卵巢子宫内膜碎片无法正常清除，最终在卵巢生长并引起巧克力囊肿。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
