透明隔囊肿也称第五脑室，属于先天性变异，没有必要手术，很多人都有，只要没有脑积水，没有明显的症状，就不用处理。头痛的原因有很多，除了有脑部本身问题外，身体其他部位的不适也会引起头痛。
脑部囊肿严重的，如果是一个单纯的囊肿，例如脑内的蛛网膜囊肿、松果体囊肿，这些囊肿一般不会引起患者的症状，可以随访观察，这种并不严重，对于一些表皮样囊肿，常常会引起患者的继发性三叉神经痛等。
脑部囊肿严不严重，主要取决于生长的位置及其囊肿的大小。比如蛛网膜囊肿一般不会引起临床症状，主要是以随访为主，有些人终身不会引起颅内压增高的症状。如果蛛网膜囊肿引起临床症状，就是比较严重的，是需要进行手术治疗的。比如第三脑室胶样囊肿，因为其可以导致压迫第三脑室，引起梗阻性脑积水，从而引起颅内压增高的症状，是需要进行积极手术治疗，也是比较严重的。
出现头痛，还有恶心的不适症状。曾经有过头外伤史，并且有头外伤史，那么出现目前，不能排除颅内血肿或者硬膜下血肿等情况。先就诊脑外科，排除颅脑疾病。如果没有相关的疾病，那么有可能是神经性疼痛，平时要注意良好的生活方式。
脑囊肿头疼的病情对症医治，治疗包括药物治疗和非药物物理治疗两部分。治疗原则包括对症处理和原发病治疗两方面。原发性头痛急性发作和病因不能纠正的继发性偏头痛可给予止痛等对症治疗，终止或减轻头痛症状，同时针对头痛眩晕、呕吐予以对症治疗。