手术一般要分三次做，首先需先造瘘，使患儿粪便能排出来，这种手术相对简单，然后再根据患儿体质情况，发育情况，再择期手术做肛门手术等孩子一周岁以后再做第三次手术。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
可以根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式，如果直肠盲端距肛门皮肤1.5cm以下，可以进行一次性肛门成形术。或尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。根据类型选择不同的手术方法。
治肛门闭锁的费用是1万-3万元。针对孩子的病情进行诊分类治疗。肛门闭锁的治疗费用不能一概而论，首先肛门闭锁的孩子有很多，不同患者的病因、病情及类型是不同的，所以进行的检查项目和治疗方案也不同，费用自然也不能相同。
治疗肛门闭锁的费用是1万-3万元。一般治疗的方法有尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形等，是根据类型选择不同的手术方法。所以费用是不同的。
