低位肛瘘一般选择手术治疗，治疗后的复发率在30%左右，肛瘘是比较常见的肛肠疾病，手术后要注意休息，注意个人卫生，不要久坐和久蹲，多做提肛运动，清淡饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，不要吃油腻辛辣刺激性的食物。
低位肛瘘指的是瘘管位置不穿过30%外括约肌的肛瘘，基本上是在肛周皮下的一些瘘管。除此之外，低位肛瘘还与肛门控便功能有关，很少引起肛门控便功能障碍的瘘管叫做低位肛瘘。
有内、外口的低位单纯性肛瘘、高位单纯性肛瘘或作为复杂性肛瘘切开、复杂肛瘘切除术的辅助治疗。挂线疗法是复杂性肛瘘手术中最常用、最普遍的方法。挂线是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。挂线既可松驰挂线作标志和促进纤维化作用，达到短期和长期引流的治疗目的。也可以逐步紧线以达到缓慢切割括约肌的目的。而药线的作用主要是抗菌，抗炎和促进肛瘘的愈合。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。