一般情况下，宝宝消化不良会腹泻的原因有食物不当、感染等。
1.食物不当：宝宝消化不良时，肠道中不消化的食物增多，从而使肠道内水份增加，而且食物一般会释放一些酸性物质，刺激肠蠕动，从而引起腹泻。
2.感染：当宝宝消化不良的时候，容易出现继发肠道细菌感染、病毒感染等情况，从而出现宝宝消化不良会腹泻的的情况。
宝宝消化不良引起的拉肚子，建议在医生指导下通过服用药物，并配合饮食调理共同改善。
宝宝有消化不良拉肚子的情况，家长通常会认为是宝宝的肠道功能出现了问题，于是便开始走向调理菌群平衡的道路。虽然肠道菌群失衡也是导致消化不良的一个诱因，但造成这一症状反复经常发生的根源其实在脾。脾是人体营养吸收运化的重要器官，如果脾虚，则营养运不出去，食物进不来，孩子就容易出现消化不良、表现为不爱吃饭、大便糖稀等问题。因此在用药方面，家长需选用一些能够帮助宝宝健脾的药物，例如薏芽健脾凝胶，该药是由七种药食同源的成分组方制成的中成药，其药效温平，具有健脾益胃，化湿消滞的功效，果泥口感，宝宝的接受度高，可较为显著的改善因消化不良所致的拉肚子等症状。
婴儿消化不良是婴幼儿夏季最常见的一种消化道疾病，主要症状为拉绿色粪便，常伴有发烧、腹胀、呕吐、不吃奶、及哭叫不安等现象。一旦婴儿出现消化不良症状，首先要调配好饮食，限制进食的数量，多喝白开水，由于消化不良导致的腹泻会逐渐改善，如果腹泻程度较重，出现了脱水的情况，要及时去医院就诊。中医方面可以采用捏脊的方法。
八个多月的宝宝，如果出现了消化不良拉肚子的问题，建议不要再吃辅食，可以选择喝母乳或是奶粉。添加辅助食品时，只能添加米粉、米糊、白汤、面条、馒头、面包、饼干等食物，尽量避免吃牛奶、水果、鸡蛋、鱼虾等。由于这些食品对宝宝的消化和吸收不利，会导致宝宝肠胃的负荷增加，从而导致腹泻的情况更加严重。其次，要让宝宝做好肚子的保暖工作，因为肚子受寒会导致肠胃不好。因此要加强对孩子的保护，避免孩子的肚子着凉。
两岁宝宝消化不良拉肚子首先要调整好生活习惯，不要食用寒凉的食物，例如：牛油果，香蕉，奇异果，火龙果等，不要食用冰激凌，冷饮等生冷的食物，以免引起肠胃不适。平时要吃的东西要清淡易消化，不能吃太多的食物，容易导致孩子的肠胃出现问题。另外还可以通过服用一些促进消化的药物和益生菌来调整肠道菌群，比如胃酶合剂、酵母片等，布拉氏酵母菌、三联活菌等都是比较常见的。
通常情况下，如果是因为细菌、病毒等原因导致的急性胃肠炎，建议及时到医院做一下粪便常规和细菌培养实验。具体内容如下：
出现了细菌感染，可以口服三代头孢菌素，进行消炎、抗感染的治疗，如果是由病毒感染导致的肠炎，需要服用利巴韦林，如果是腹泻比较严重，可以口服蒙脱石散进行止泻，同时还可以口服一些有益的益生菌，避免出现过敏反应。
注意保持患儿皮肤卫生、清洁，避免感染。患儿母亲应避免吃辛辣刺激性食物，比如生蒜、辣椒、胡椒等，以免导致患儿上火。
