得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
婴儿肛瘘手术时间是年龄越大越好，婴儿肛瘘如果局部症状疼痛不明显，可以暂时保守治疗。生活中注意护理，给孩子多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，注意局部卫生，孩子大一些，可以手术治疗。
前期可以用药物治疗，但是只能缓解病情的疼痛，治标不治本。长久靠药物维持会使得体内的药物毒素堆积越来越多，导致肛瘘的反复发作，病情越来越严重。还有可能导致其他肛肠疾病的发生，病人要保持大便通畅，防止腹泻和便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激每天用温盐水坐浴1到2次，勤换内裤，适当使用药膏等局部涂抹，或中药内服外用。
