一旦形成脓肿，需要及时切开引流，排出脓液，并且定期进行换药处理，以观察伤口创面的愈合情况，后期可以在每次大便之后，使用溶液坐浴。另外，肛周脓肿的病人需要酌情进行抗菌素治疗，可以根据病情给予口服、肌肉注射或者静脉滴注。
肛周脓肿可以做收缩肛门的运动，也叫提肛运动。肛周脓肿手术后头几天还是要尽量少运动，多卧床休息。这种运动对于卧床，久坐的白领，久站的劳工等都有好处，平时要注意卫生。
肛周脓肿术后饮食根据肠胃肠道内环境来调控，不需要早期就控制饮食，建议做完手术后，恢复到正常饮食即可，比如可正常吃点米饭、蔬菜、肉食。早期时可适当控制，注意清淡饮食，海鲜、海产品、菌类，以及容易引起肠道不适的食物要适当控制，一般不需要对饮食有太强要求。
肛周脓肿应该远离刺激性的食品和辛辣的食物，因为这些食物会导致肛周、直肠肛管的血管扩张，而不利于创面的愈合，也会导致瘢痕组织的增生。另外，刺激性的食物或者饮酒之后，也容易诱发药物的过敏反应不利于治疗。
任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
