如果是外源性的原因引起，常规口腔卫生清洁措施，超声波洁牙，喷砂洁牙均可去除色素但是，必需是在经过规范化培训的医生或者洁牙士的帮助下进行的超声波洁牙或喷砂洁牙如果，是内源性的，包括，牙漂白，着色严重的则采用修复的方法治疗。
氟斑牙没法去除。可以通过修复的办法进行治疗。目前常用的办法有全冠修复和烤瓷贴面的修复，也就是把牙齿磨去一层，厚度和烤瓷牙、烤瓷贴面的厚度一致，然后制作全冠、烤瓷贴面，套在牙齿上或者贴在牙齿上，使牙齿颜色恢复正常。
若饮用水中含氟量过高或经常饮用含碳酸的饮料会使牙齿着色，些食物中含有食用性色素，可以使牙齿造成外源性色素沉积，久而久之可使牙齿变色，如浓茶，咖啡及醋等易染色饮料和食品均可以使牙齿变色。其氟素来源于原生自然环境，即当地的河水，井水都处于高氟区，其分布范围较广，主要发生在农村。
目前临床上治疗氟斑牙的方法主要有漂白法，适用于只有色泽改变，但是没有实质性缺损的病例，通过口腔科专用的漂白，对牙齿进行渐进性的漂白，使牙齿达到美观的效果。光敏树脂美学冲填，适用于色泽改变不明显，但是有实质性缺损的病例，但是缺损不大，使用树脂可以恢复牙齿正常的解剖外形。
氟斑牙是牙齿发育过程中，从食物、饮用水和空气中吸入过量的氟，导致牙釉质发育不全，是慢性氟中毒在口腔的表现。其受累人群有一定的地域性，主要好发于出生或生长在高氟地区的人群。氟斑牙主要原因是牙齿在发育过程中指6岁之前摄入了超量的氟，导致牙齿发育过程中出现障碍，从而造成牙齿颜色的改变，有的会造成牙齿的形态的缺失。