长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
肛瘘能吃粉干的，有肛瘘的情况下，建议不要吃辛辣的食物，也不要饮酒即可，其他的食物对病情影响不大，但是确诊后可以遵医嘱积极安排手术，否则对正常的生活影响大，观察是否有疼痛。
总属虚实夹杂，本虚标实。因此辨证首当明辨虚实，标本之主次。初期表现为脓肿症状，又以全身症状为主，即标实为主，当辨热的偏盛，后期则重在局部，特别是复杂性及结核性肛瘘，因病久者多以正虚为主。须辨阳虚阴虚之各异。
肛瘘表现可通过以下共同特征自己检测：排脓是其主要症状。新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管通畅无炎症，一般无疼痛，只有肛门局部轻度肿胀，步行可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，增加排便或疼痛时疼痛加重；瘙痒，肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
肛瘘如果多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。还有肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。