肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
一般来说，宝宝肛瘘不会自愈，具体分析如下：
宝宝肛瘘主要是肛周脓肿不能及时的处理，或是经常复发导致的。大多数儿童可以用温生理盐水坐浴，也可以用高锰酸钾稀释液来缓解，但并不能根治，必须进行外科手术。挂线是肛瘘外科最常用的外科方法，它既简便又有效。因此，肛瘘通常不会自行愈合。
在日常生活中，家长应该加强孩子的营养摄入，保持睡眠充足，早睡早起适当参加户外活动，有助于健康成长。
手术以后的饮食就非常重要，首先要进食容易消化的食物，多吃水果和蔬菜，尽量保持排稀便，纠正便秘，适当的进行功能锻炼。并且要避免暴饮暴食，每次在排便之后要及时的进行清洗，并且找医生进行换药。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
