有些肛周囊肿自己消失后，在某些诱发因素下还可能再次复发。比如肛周脓肿经过消炎对症治疗后逐渐消失、症状减退，但肛周病灶并没有完全根除，在病人免疫力下降或者劳累时会再次复发，还有血栓痔和炎性外痔，也是因为病人在劳累或者外界因素刺激下再次复发。
前列腺囊肿单以保守治疗大多效果不佳。而单纯穿刺排出囊肿液可暂时缓解症状，但往往数日后分泌物又重新蓄积，再次形成囊肿而复发。反复穿刺易引起感染。因此，前列腺囊肿不能靠单纯穿刺来完成治疗，其治疗方案应以综合治疗为主。
经验丰富的医生往往下刀准确，能找准病源并做到一次根除，不留后患，但一些医生因为缺乏临床经验，所以一些病患不久后病情再次复发。治疗好后要注意的事项非常多，尤其是肛肠类的疾病，手术后刚开始几天要保持清淡的饮食、避免辛辣食物；同时还不能久坐。
宫颈囊肿主要是由于宫颈的慢性疾病导致的，平时的慢性宫颈炎阴道炎都会引起宫颈囊肿，做了手术之后还是有复发的可能的。为了减少复发。在手术之后还是要注意会阴部的卫生，定期做妇科检查，平时性生活前后都要清洗，有炎症积极的治疗。
肛周脓肿对人体危害极大，可导致贫血、皮肤湿疹、肛门功能失常、败血症、毒血症、脓毒血症、植物神经紊乱等并发症，还可以引发妇科炎症等妇科疾病，导致阳痿、早泄、遗精等性功能障碍，甚至诱发直肠癌。
卵巢囊肿切除术后，应做病理切片进一步明确卵巢囊肿性质。术后应定期进行检查，因卵巢囊肿形成机理不明，卵巢排卵、卵巢组织增生则仍可再次形成卵巢囊肿。如较常见的卵巢巧克力囊肿，易复发，需通过使用口服避孕药、GnRH预防复发。
