肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
正常的肛瘘术后恢复时间需要10天—2周左右。那么两周左右以后就可以正常的上班和生活。但是如果术前肛瘘检查为高位复杂性肛瘘，或肛瘘的瘘管有多条分支，可能术后的恢复时间需要20天到1个月左右。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘手术属于肛门处手术，本身就不属于无菌手术，洗澡是没有影响的。不过洗澡后肛门处尽量擦干净，保持创面的干净清洁。术后有很多需要温水坐浴的，碰水也不影响愈合。肛瘘由于创面相对来说较大，如果平时不注意饮食，导致便秘，那么在大便的时候干燥的大便刺激创面就会引起疼痛。要改善饮食，防止便秘，便后可以温水坐浴。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。
