输尿管软镜碎石术的并发症有输尿管损伤及术后继发感染，包括术中输尿管脱套，也称输尿管断裂、穿孔、出血等，较严重，一旦发生需紧急行术中输尿管再吻合，吻合后也可能出现输尿管狭窄，引起肾积水等。穿孔时可留置输尿管支架，使输尿管自行愈合。
体外震荡碎石过程迅速，而且无痛感，是非常有效果的办法。肾结石止痛不是办法，一般的止痛药物只能缓解当下疼痛，不能根治。肾结石由于身体运动过程跟体内某些部位摩擦就会出现疼痛。
3-5天，碎石后还会痛几天与病人的碎石手术方式，和病人的身体综合素质、小石头的多少、小石头排除的速度、是否用药、病人的喝水多少等因素有关。尿道结石体外碎石后如果排石干净应该不会再疼痛。
钬激光碎石是一种微创的手术进行碎石，碎石的过程中患者几乎没有任何痛苦。均采用全身麻醉来进行碎石，所以患者没有任何的疼痛感。等待手术结束以后，因为体表没有任何伤口，患者也不会有伤口疼痛的感觉。但手术后都会留置一根导尿管，可能会觉得尿道内有轻微的疼痛感，疼痛感完全可以耐受。
术后可能有一段时间血尿，疼痛等不适，后期会逐渐缓解，手术顺利一般不会有后遗症。定期复查尿常规。如果疼痛发作时可以使用止疼药物，应该控制感染，防止影响肾功能。解释较小的可以大量饮水，调整饮食方式。如果结石的直径比较大，可以使用体外冲击波碎石，或者经输尿管镜碎石取石术。
激光肾结石碎石一般不痛建议患者积极治疗，具体分析如下：
激光肾结石碎石一般是通过软镜或者硬镜进行钬激光碎石。经输尿管镜钬激光碎石，通常采用全身麻醉或硬膜外麻醉，所以在手术过程中不会感觉到疼痛。手术后，结石排出，肾脏水肿减轻，腰痛也会有所改善，但手术过程中，可能会出现泌尿系统的损害，但疼痛一般可以忍受。
