临床上医治口腔发炎一般以局部医治为主，病情较重、复发间隔短的患者可以考虑结合全身用药。局部医治以消炎止痛、促进愈合、防止感染为主。另外还有一些贴膜含有麻醉剂、皮质激素等药物，既能消炎还能止痛。
口腔炎治疗可以用双氧水和盐水漱口，最后一次要用盐水漱口，在溃烂的口腔黏膜上外用碘甘油涂抹。保持好口腔卫生，才能控制炎症。另外，还可能需要配合进行全身的抗炎治疗。
口腔炎有可能是由于局部受到细菌感染导致的，可以服用药物进行治疗，适当的可以使用淡盐水进行漱口。其次口腔炎治疗还可以用西红柿：西红柿汁含口中，每次含数分钟，一日多次。
口腔炎最常见的就是口腔溃疡，口腔溃疡一般有红，黄，灼痛明显的症状，整个的发病周期一般持续在1到2周，可反复发作。可应用含漱液，如康复新液含漱，外用喷雾剂，如开喉剑喷雾剂，促黏膜愈合的药物，如重组人表皮细胞生长因子凝胶。口服转移因子口服液，提高免疫力，营养均衡，禁食辛辣刺激的食物，补充复合维生素B族和维生素C族，还可局部涂布止痛类药物，从而达到快速愈合的目的。
慢性口腔炎可以适当的用激素的药物进行治疗，平时不要吃辛辣刺激的食物。口腔溃疡的发生主要以免疫力低下，维生素缺乏感染有关，溃疡具有自限性，7天~10天可以自愈，平时多吃蔬菜水果，补充维生素提高免疫力，可以减少口腔溃疡的发生。
