巧克力囊肿的症状有月经量增多、痛经、有血块。会出现经期下腹部疼痛且疼痛逐渐加剧。手术治疗是比较好的治疗方式，药物可以抑制病情，不能彻底的治好，对于巧克力囊肿，应该考虑手术，治疗时要谨遵医嘱，根据个人的身体情况，制定专门的治疗方案。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿的护理要保证充分的睡眠：每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。还可以适量喝些红酒：红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃一些一些豆腐豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的症状，尤其是会出现性前时疼痛出血等症状。发现有这些症状尽早去医院就诊，避免病情加重。
女性有卵巢巧克力囊肿主要症状有性交疼痛，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的情况，其次有痛经的情况，80%的卵巢巧克力囊肿的人会有痛经的表现。
