通常情况下，儿童脑炎好了头疼可能是脑炎的后遗症。具体情况分析如下：
脑炎是大脑实质的急性炎症，一般会出现发热、恶心、呕吐、意识模糊、头疼等症状，如果儿童之前的病情较为严重，或者未及时进行治疗，可能会出现儿童脑炎好了头疼的情况，家长可以按照医嘱给儿童使用安宫牛黄丸、清热醒脑灵丸、安脑丸等药物进行治疗。家长还可以按摩儿童的头部，缓解儿童的头疼。
头痛，主要应给予放松心情，改善睡眠，养成良好的作息时间，适当参加一些体育运动，可以使患者的症状减轻，高血压引起头痛，应给予降血压治疗。抑郁引起头痛，应给予相应的抗焦虑以及抗抑郁药物治疗。
神经痛，像带状疱疹感染后引起的神经痛和三叉神经痛发作时，可以选用卡马西平、奥卡西平、加巴喷丁、普瑞巴林等。相对而言加巴喷丁和普瑞巴林的效果较卡马西平药好，而且副作用要更少一些。
头疼应该首先做头颅CT或者头颅磁共振检查，以排除颅内器质性病变，如脑出血、蛛网膜下腔出血、脑梗死、脑肿瘤等。如果发现颅内占位性病变，还需要进一步行头颅CT、磁共振增强检查，怀疑颅内动脉瘤需要做头颈CTA或者脑血管造影检查。
说明头部疼痛的出现和睡眠是相关的。平时休息不好，神经衰弱，植物神经功能紊乱，脑血管痉挛，所以出现了疼痛。而如果睡得比较好，疲惫的身体得到放松，头部脑血管痉挛得到了缓解，所以疼痛也就好了。
