主要是扫描方式不同，射线和图像质量都相同。螺旋CT是旋转式永久扫描、无间断体积扫描，扫描速度快。普通CT是断层扫描，如果呼吸配合不好，可能会漏检。使用螺旋CT检查就不会出现漏检的情况。
一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
CT对所有器质性疾病都可以进行检查，特别对密度差异大的器质性占位病变都能检查出来并做出定性诊断，但最适于CT检查的病是脑部疾病，其中对肿瘤，出血及梗塞等病检查效果最好，其次是腹部实质脏器的占位病变，如肝，脾，胰，肾，前列腺等部位的肿瘤。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确，能够清晰地显示脑干等部位的病灶。
头部疼痛可以做CT检查，也可以做磁共振检查。做CT检查费用要低，但是存在一定的辐射，如果是孕妇或者小朋友，最好不要做CT检查。磁共振检查费用要高的多，但是清晰度比较好，做磁共振检查是在比较强的磁场里面，身体里面有钢钉、钢板或者心脏起搏器之类的东西也不能做检查。做磁共振检查是在空间比较大又比较幽暗的房间里面做，如果病人有幽闭综合征也不能做磁共振检查，只能选择做CT检查。建议到神经内科检查，在医生的指导下治疗。日常注意多休息，保持充足的睡眠，多喝水，注意保暖，避免着凉感冒。
