卵巢囊肿的治疗方式取决于病人年龄，生理性或否恶性，部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及病人的主观愿望等因素而定。如果囊肿的尺寸不是很大，一般并不需要特殊治疗，可以等下次月经干净后再复查一个B超，有可能会自行消退的。那如果没有自行消退，囊肿还在，可以选择一些药物进行消炎和活血化瘀治疗，多数情况下可以恢复正常。
不宜吃甘温的水果，如桃、杏、李子、橘子等。忌辛辣油腻食物。不要吃大鱼、大肉、过于油腻之品在膳食中不应加入辣椒、胡椒、川椒等调味品。戒烟戒酒。宜多进食新鲜蔬菜，如青菜、西红柿等，多吃水果，如苹果、生梨、柑橘等。
卵泡囊肿不会影响怀孕的，可以先用药观察能不能缓解，用药看说明书有没有影响怀孕，卵泡囊肿不需要治疗的，定时复查，注意卵泡囊肿主要跟卵泡不能排出，平时多注意清洁卫生。
卵巢囊肿的体积在3.0厘米以内的一般多考虑是生理性囊肿；体积在3.0厘米及以上时一般都是病理性的。生理性囊肿有可能自行消失，病理性的则需要适当的治疗。病理性囊肿的临床症状因人而异，有可能完全没有症状，也有可能出现腹痛，腹胀，月经失调等。因为卵巢囊肿经过治疗一般都是可以治疗好的。一般不会影响入职体检的最终结果。
女性的卵泡囊肿不影响月经，但在发现女性的卵泡囊肿时及时治疗。虽然滤泡囊肿不影响月经，但假如不及时治疗，癌症可能会发展，所以在医院检查具体情况，确诊后进行对症治疗。这期间要加强自身的营养，不要吃辛辣的食物。
