治疗的方法有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。还有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
可以通过手术到达良好的治疗效果的，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。也可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。
注意事项有应防止患儿用手搔抓伤口、拔掉唇弓或将手伸进口腔。必要时用小夹板使双上肢制动。护士小姐每日用消毒棉签清洁伤口，清除血痂和污物，保持局部清洁。家长不应自己擦拭伤口。
对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
唇裂比较严重，腭裂是指患儿口腔里的上腭部(俗称天堂或上堂)出现裂隙。轻者仅表现为软腭部的悬雍垂(俗称小舌头)裂开，严重者则表现为从软腭到硬腭的整个腭部裂开。
