唇腭裂的治疗主要是通过整形来恢复口腔内的结构以及面部的畸形。但是选择什么样的手术方式以及手术时间还需要根据唇腭裂的轻重程度来考虑。最终的治疗目的是改善腭裂，恢复软腭的生理功能。术后还需要进行语言的训练来形成正确的发音。长大一些还需要到口腔科进行牙齿的矫正治疗。
对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
主要是方法是手术治疗。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。目前国内外公认唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。本病有一定的遗传性，预防的关键在怀孕的前三个月应该避免服用镇静类和抗癫痫类药物。
改良兰氏手术治疗：沿裂缝边缘做一纵切口，将粘膜切开；沿压槽突内侧做一松弛切口，在将鼓膜玻璃器自松弛切口插入，将硬腭骨膜完全掀起。腭裂整复手术：利用裂隙邻近的组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。
引起唇腭裂的原因当属遗传因素，唇腭裂患者其直系亲属或旁系亲属中有类似畸形发生。同时环境因素也是引起先天性唇腭裂的原因，营养因素：营养因素也是一种比较严重的原因，很多孕妇在怀孕期间会出现呕吐的情况，之后会有不同程度厌食的情况，这时胎儿摄入的营养是不足的，所以造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
唇腭裂与腭裂是不相同的，唇腭裂包括唇裂和腭裂，而腭裂就是单纯的腭裂。唇腭裂比较严重一些，原因不明确，可能与怀孕期间内分泌紊乱，病毒感染等有一定关系。早发现在治疗。