一般来说，无痛胃肠镜与普通胃肠镜检查的区别如下：
二者的主要区别在于，一个是在患者较清醒的状态下进行手术，另一个是在患者进入睡眠状态下进行手术。普通胃肠镜检查比对较痛苦，通常口服利多卡因进行局部麻醉，会让患者感觉不适，导致呕吐的现象，也会觉得疼痛。而无痛胃肠镜检查，通常采取静脉给予丙泊酚等麻醉药物注射的方式，使患者进入睡眠状态，可在检查过程中及醒来之后没有任何不适感觉。
两者各有优缺点。应该看自身具体情况去选择。普通肠镜的话，一是价钱比较便宜，而且预约时间比较短，再就是操作过程中如果有不舒服的情况可以及时告知，减少肠穿孔的风险。缺点就是有些人不能耐受，会中途停止操作。无痛肠镜优点是检查痛苦比较少，完成度高，但是如果有心血管疾病基础的病人会存在麻醉的风险，如呼吸抑制、心律失常，还会增加肠穿孔的风险。
无痛肠镜就是在普通肠镜的基础上，多了一个无痛麻醉监测费用和麻药的应用。普通肠镜全程操作的时候，是完全清醒的，消化内镜医师持肠镜，由肛门进入依次开始检查。因为结肠较长，可能会出现恶心、腹胀等不适感。
无痛胃肠镜操作的时间还需要根据是否需要内镜下治疗以及内镜医师的操作水平决定。如果不需要进行内镜下治疗，无痛胃镜操作过程大概需要数分钟至十余分钟，而无痛肠镜操作时间大概需要半小时左右。如果需要内镜下治疗，无痛胃肠镜的操作时间均会相应延长，具体还需要根据各种操作而决定，有可能需要1个小时甚至更长时间。
无痛胃镜肠镜有危险，具体分析如下：
首先，就是麻醉的风险，虽然是速效麻醉剂，但如果用药不当，很可能会出现精神错乱、烦躁、缺氧缺血性脑病、植物状态、死亡等。另外，与普通胃肠镜相比，因为缺乏沟通，所以在手术中，肠镜会出现充气过多、进镜速度过快，从而增加肠穿孔和系膜的过度牵扯。这就要求有熟练的麻醉师和内窥镜医生配合，才能进行无痛胃肠镜检查。
无痛肠镜是在全麻下进行的，机械更小巧更精细，没有痛感，电镜下检查更清晰，但是费用稍高。只要合理用药，加强管理，全麻是不会对人体产生严重危害的。普通肠镜检查是清醒的，用相对较大的传统肠镜从肛门进入镜子来检查肠内结构变化。因检查时肠镜要通过大肠的几个正常的生理弯曲，还要充气才能看清肠内情况，所以会产生腹胀、疼痛等不适感。